投資家が株式や商品先物を売買して生じた損益のやりとりなど、取引決済が当事者間で不可能になった場合の保証業務を担う機関。投資家や取引業者は清算機関が最終的な「決済」の相手になるため、直接の取引相手の信用力を考慮する必要がありません。現在、商品先物は日本商品清算機構、証券、デリバティブ（金融派生商品）取引は日本証券クリアリング機構が清算業務を行っています。